インボイス制度について、Amazon Payでの決済については何か対応すべきことはありますか？

Amazon Payは、海外法人であるASILLC (Amazon Services International LLC)が主体となっており、Amazon Pay手数料に関して、消費税不課税の扱いとなります。
そのためインボイスに関する対応などは必要ありません。
また、適格請求書番号の登録は、Amazon出品サービスにおいてはAmazonが発行するために必要なので登録をお願いしていますが、Amazon Payはあくまで決済方法の1つであることから、発行するのは販売事業者となります。