1つのAmazonリファレンスIDに複数の注文が紐づくことがあります。なぜですか？

AmazonリファレンスIDは、アドレス帳ウィジェット表示時に発番されます。
そして、注文確定時に呼び出していただくAPIで、リファレンスIDに対して販売事業者注文番号を任意で設定できます。
なお、複数のリファレンスIDに対して同一の販売事業者注文番号を設定することも可能です。
また、設定いただいた販売事業者注文番号はAmazon Pay側では使用しておらず、販売事業者側の突合等の用途で事業者側で自由に使用することが可能な項目です。
そのため、どのようなロジックで設定・使用されているかは、ご利用のシステム提供会社に確認してください。