Amazon.co.jpの「アカウントサービス」＞「お客様のお支払い方法」にAmazon Payのロゴが表示されています。これは自社ECサイトで導入している従来のAmazon Payと関係があるのでしょうか？

はい、Amazon.co.jp上の「お客様のお支払い方法」も、販売事業者様の自社ECサイトでご導入いただいているAmazon Payも、いずれもAmazon Payのサービスの一部となります。
今回の変更はAmazon Payとしてのブランディングの変更であり、Amazon Payの決済サービスにおける本質的な機能の変更ではありません。

Amazonアカウントをお持ちのお客様は、Amazon Payが導入されたAmazon.co.jp以外のECサイトでお買い物する際、Amazonアカウントに登録されているお支払い情報を使って、決済することができます。
Amazon Payのお支払い方法（クレジットカードやAmazonギフトカード）をAmazonアカウントで管理していることもAmazon Payのサービスの一部となります。

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