[割賦販売法]登記上の「本社所在地」はほとんど人がいません。代わりに実営業所の住所を入力した方がいいですか？

いいえ。割販法対応の審査はあくまでも登記情報を基に行われるため、登記上の会社情報としての本社所在地を記入してください。