セラーセントラルに登録したアプリケーションは削除できますか？

はい、アプリケーションは削除できます。

セラーセントラルにログイン後、

1. 画面左上部から「インテグレーション」 ＞ 「インテグレーションセントラル」をクリック
2. 「アプリケーションを確認する」をクリック
3. 削除したい「アプリ名またはストア名 」を選択後、「 このアプリケーションを削除する」をクリック

その後、ダイアログが表示されるので、その指示にしたがって操作してください。