セラーセントラル「取引管理」画面の「処理」で「購入者に連絡する」から事業者が購入者に送信したメールに、購入者は返信できますか？

いいえ、この機能から送信されたメールに対して、購入者が直接返信することはできません。
「購入者に連絡する」機能は、セラーセントラルの共通機能として提供されているもので、Amazon Pay事業者向けにカスタマイズされたものではありません。そのため、Amazon Pay固有の要件に最適化されていない部分がございます。
そのため、Amazon Pay事業者様にはご利用を推奨しておりません。