Amazon Pay用アカウントのログインID（メールアドレス）の変更はできますか？

はい、可能です。

セラーセントラルにログインし、右上メニュー「設定」＞「ログイン設定」をクリックします。
下記の画面の「Eメールアドレス」の項目の「編集」をクリックし、更新保存してください。